折り図の重なりは、基本的にはなるべく実物と同じ順番で描くことを強くおすすめします。重なりの調整など少し手間に感じる場合もあるかもしれませんが、先の手順や、修正・変更する場合を考えると、実物通りの順番が一番作業しやすい場合が多いです。
実物と違う重なり順の場合、その図では問題なくても、先の手順で苦労する場合もあります。実例として三角に折ってからの中わり折りを見てみます。
重なりの調整は、パーツごとのグループ化や、「前面／背面にペースト」などの機能を活用するとよいでしょう。というか使わないとかなり辛そうです。
https://www.folders.jp/uc/2018/431/
https://www.folders.jp/uc/2018/587/
ちなみに例外として、例えば完成図などの変更が必要ない図であれば、あまり問題にならないケースもあります。特にユニット作品などの場合は実物と合わせようとすると相当な手間がかかるので、完成図等に限れば問題ないように思います。
ということで、「次の図を描く自分のために、正しい順番で重なりを描こう」。
